本署業務範圍包含國家廉政政策規劃與執行反貪、防貪及肅貪等業務，為辦理該四大業務範圍，設置「綜合規劃組」、「防貪組」、「肅貪組」、「政風業務組」及北、中、南等3個地區調查組，合計7個業務單位，並設秘書室、人事室、主計室等3個輔助單位。

綜合規劃組:
一、本署年度施政計畫、中程施政計畫與個案計畫之規劃、執行及管考。
二、國家廉政政策與制度之規劃及研究。
三、廉政措施之管考及評估。
四、國際廉政與司法互助事務之聯繫、協調、交流及推動。
五、法規命令、行政規則及解釋之諮詢。
六、行政爭訟及國家賠償事件之協助。
七、廉政工作法規、手冊之研編。
八、全國各機關政風機構組織與人員任免、遷調、考績、獎懲之綜合規劃
、擬議及執行。
九、國會聯絡與媒體公關事務之政策規劃、分析、研擬及執行。
十、其他綜合規劃事項。

防貪組：
一、貪瀆預防法令、制度、措施之研擬、推動及協調。
二、政府部門與公共機構防貪審查及稽核。
三、公職人員利益衝突迴避法、公職人員財產申報法之宣導、解釋及案件審議。
四、公務員廉政倫理規範之研擬、推動及協調。
五、政府部門、公共機構、民眾、社區、學校、企業、團體廉政與誠信教育之宣導策劃及推動。
六、其他貪瀆防制事項。

肅貪組：
一、肅貪法令、制度、措施之研擬、推動及協調。
二、貪瀆或相關犯罪案件調查之執行、督導、協調及管考。
三、檢舉貪瀆或相關犯罪案件之獎勵及保護。
四、行政肅貪之推動及督導。
五、其他肅貪執行事項。

政風業務組：
一、政風機構年度工作計畫之管考。
二、政風機構業務之績效評核。
三、政風機構辦理貪瀆預防業務之督導。
四、政風機構辦理貪瀆或相關犯罪案件之審核、督導、分析及查處。
五、政風機構執行公務機密維護之推動及管考。
六、有關法務部政風業務。
七、其他有關政風機構之預防及查處事項。

秘書室：
一、會報及議事之處理。
二、印信典守及文書、檔案之管理。
三、出納、財物、營繕、採購及其他事務管理。
四、工友（含技工、駕駛）之管理。
五、資訊業務之規劃、推動及管理。
六、不屬其他各組、室事項。

人事室：
掌理本署人事事項。

主計室：
掌理本署歲計、會計及統計事項。

北部、中部、南部地區調查組：
一、貪瀆或相關犯罪之蒐證、分析及調查。
二、其他有關貪瀆或相關犯罪之調查。